Les rhinocéros ont toujours eu une faible diversité génétique

L’histoire évolutive du rhinocéros est inconnue. La plupart des 100 espèces de rhinocéros qui étaient autrefois géographiquement répandues ont disparu avant l’époque du Pléistocène.

Les cinq espèces de rhinocéros qui subsistent aujourd’hui dans le monde sont toutes menacées d’extinction. Il est devenu essentiel de comprendre les origines génétiques de ces populations restantes, car des programmes de sélection sont désormais nécessaires pour éviter que les cinq espèces ne disparaissent à jamais.

Dans une étude récente publiée par Presse cellulaireles scientifiques rendent compte de leur analyse des génomes d’individus des cinq espèces existantes, ainsi que de trois espèces qui ont disparu au cours de la dernière période glaciaire.

Les espèces vivantes sont les rhinocéros noirs d’Afrique, les rhinocéros blancs d’Afrique, les rhinocéros indiens, de Sumatra et de Java. Les espèces disparues analysées pour l’étude comprennent la licorne de Sibérie, le rhinocéros de Merck et le rhinocéros laineux. Les résultats de l’analyse contribuent à la compréhension de l’arbre généalogique des rhinocéros.

« Nous pouvons désormais montrer que la branche principale de l’arbre de vie des rhinocéros se situe entre les régions géographiques, Afrique contre Eurasie, et non entre les rhinocéros qui ont une ou deux cornes », a expliqué le co-auteur Love Dalén du Centre de paléogénétique et le Musée suédois d’histoire naturelle.

« La deuxième découverte importante est que tous les rhinocéros, même ceux qui ont disparu, ont une diversité génétique relativement faible. Dans une certaine mesure, cela signifie que la faible diversité génétique que nous observons chez les rhinocéros actuels, qui sont tous en voie de disparition, est en partie une conséquence de leur biologie. »

Étant donné que les données utilisées pour cette étude provenaient à la fois d’ADN moderne et ancien, les chercheurs n’ont pas pu simplement rassembler toutes les informations génomiques pour les analyser. Ils ont dû développer de nouveaux outils d’analyse pour faire face aux différences dans les types de données. L’équipe a utilisé les résultats pour dresser un arbre généalogique pour les huit espèces concernées.

Les résultats suggèrent que les rhinocéros en tant que groupe ont divergé des chevaux et des tapirs il y a un peu plus de 60 millions d’années, et que le rhinocéros licorne de Sibérie s’est diversifié il y a environ 36 millions d’années. Les espèces eurasiennes et africaines ont divergé il y a environ 16 millions d’années, après la formation d’un pont terrestre entre les masses continentales afro-arabes et eurasiennes.

En termes de diversité génétique, les auteurs ont constaté que les espèces actuelles présentaient des niveaux de variation du génome significativement inférieurs à ceux des espèces disparues. Cela est attribué au déclin considérable des populations que les espèces modernes ont connu récemment.

Cependant, lorsque l’on compare la variation génétique des huit espèces de rhinocéros et d’autres familles de mammifères, les rhinocéros présentent la deuxième plus faible diversité génétique de tous les groupes. Seule la famille des félidés (contenant des chats) présentait une diversité plus faible, ce qui s’explique par le fait que les félidés sont des prédateurs et qu’ils ont toujours de petites tailles de population.

« Nous constatons également que les rhinocéros actuels ont une diversité génétique plus faible et des niveaux de consanguinité plus élevés que nos génomes de rhinocéros historiques et préhistoriques », a expliqué Dalen. « Cela suggère que les récents déclins de population causés par la chasse et la destruction de l’habitat ont eu un impact sur les génomes. Ce n’est pas une bonne chose, car une faible diversité génétique et une forte consanguinité peuvent augmenter le risque d’extinction des espèces actuelles.

Selon les chercheurs, leurs découvertes seront utiles en termes de gestion des populations actuelles et de soutien aux efforts de conservation. « Maintenant, nous savons que la faible diversité que nous observons chez les individus contemporains n’est peut-être pas le signe d’une incapacité à se rétablir, mais plutôt d’un état naturel du rhinocéros », a déclaré Mick Westbury de l’Université de Copenhague, au Danemark. « Nous pouvons mieux orienter les programmes de rétablissement pour qu’ils se concentrent sur l’augmentation de la taille de la population plutôt que sur la diversité génétique individuelle. »

Les informations génomiques peuvent également être utilisées pour déterminer l’ascendance de petites populations restantes qui se sont isolées à mesure que leur habitat se fragmente.

« Nous espérons que cela fournira un cadre permettant de mieux comprendre d’où les populations transférées peuvent provenir, les changements directs dans la diversité génétique et si des populations ont pu être perdues à jamais à cause des humains », a déclaré Westbury.

L’étude est publiée dans la revue Cellule.

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Par Alison Bosman, Espèces-menacées.fr Rédacteur