Le COVID-19 circule et évolue rapidement chez le cerf de Virginie

Des chercheurs de l’Ohio State University (OSU) ont découvert que le cerf de Virginie est un réservoir du virus SRAS-CoV-2.

Les experts rapportent qu’un nombre important de cerfs de Virginie dans l’Ohio ont été infectés par le SRAS-Cov-2 et que les variantes virales évoluent environ trois fois plus rapidement chez les cerfs que chez les humains.

Objet de l’étude

Entre novembre 2021 et mars 2022, les chercheurs ont collecté 1 522 échanges nasaux sur des cerfs en liberté dans 83 des 88 comtés de l’Ohio et les ont testés pour le virus responsable du COVID-19.

Ce que les chercheurs ont découvert

L’analyse a révélé que plus de 10 pour cent des échantillons étaient positifs et qu’au moins un cas positif a été trouvé dans 59 pour cent des comtés dans lesquels des tests ont été effectués.

Étonnamment, l’analyse génomique a montré qu’au moins 30 infections chez les cerfs se sont propagées aux humains.

Transmission interspécifique

« Nous parlons généralement de la transmission interspécifique comme d’un événement rare, mais il ne s’agissait pas d’un échantillon énorme et nous sommes en mesure de documenter 30 retombées. Il semble se déplacer assez facilement entre les humains et les animaux », a déclaré Andrew Bowman, co-auteur principal de l’étude et professeur agrégé de médecine préventive vétérinaire à l’OSU.

« Et il est de plus en plus évident que les humains peuvent l’obtenir des cerfs – ce qui n’est pas fondamentalement surprenant. Il ne s’agit probablement pas d’un pipeline à sens unique.

Ces résultats suggèrent que le cerf de Virginie est un réservoir du SRAS-CoV-2 qui permet une mutation continue, et que la circulation généralisée du virus chez le cerf pourrait potentiellement conduire à sa propagation à d’autres animaux sauvages et au bétail.

Pas seulement un problème localisé

En décembre 2021, Bowman et ses collègues ont signalé pour la première fois la détection du virus chez le cerf de Virginie dans neuf endroits de l’Ohio. Dans la présente étude, ils ont étendu la surveillance à divers autres endroits.

« Nous nous sommes étendus à tout l’Ohio pour voir s’il s’agissait d’un problème localisé – et nous le trouvons dans de nombreux endroits, ce n’est donc pas seulement un événement localisé », a expliqué Bowman. « À l’époque, on pensait que cela concernait peut-être uniquement les cerfs urbains, car ils sont en contact plus étroit avec les gens. Mais dans les zones rurales de l’État, nous trouvons de nombreux cerfs positifs. »

En plus de détecter des infections actives, les scientifiques ont également trouvé un nombre important d’échantillons de sang contenant des anticorps, ce qui suggère qu’environ 23,5 % des cerfs de l’Ohio avaient déjà été infectés par le coronavirus.

Événements de débordement

Parmi les 80 séquences du génome entier obtenues à partir des échantillons, les chercheurs ont identifié le variant delta hautement contagieux et virulent (la souche humaine prédominante aux États-Unis au début de l’automne 2021), qui représentait près de 90 % des séquences, et alpha, la première variante préoccupante identifiée chez l’homme au printemps 2021.

L’enquête a révélé que la composition génétique des variantes delta chez les cerfs correspondait étroitement aux lignées dominantes trouvées chez les humains au cours de la même période, soulignant plusieurs événements de contagion et suggérant que la transmission de cerf à cerf s’est déroulée en grappes, certaines d’entre elles s’étendant sur plusieurs comtés.

« Il y a probablement une question de timing dans ce que nous avons découvert : nous étions proches de la fin d’un pic de delta chez les humains, puis nous observons beaucoup de delta chez les cerfs. Mais nous avions bien dépassé la dernière détection alpha chez les humains. Ainsi, l’idée selon laquelle les cerfs s’accrochent à des lignées qui ont depuis disparu chez les humains est quelque chose qui nous inquiète », a déclaré Bowman.

Selon les experts, la vaccination est susceptible de protéger les personnes contre des maladies graves au cas où le virus se propagerait à l’homme. Par exemple, une enquête sur les effets des variantes du cerf sur les hamsters de Sibérie (un modèle animal largement utilisé dans les études sur le COVID-19) a fourni des preuves claires que les hamsters vaccinés ne tombaient pas aussi malades après l’infection que ceux non vaccinés.

Implications de l’étude

Malheureusement, les variantes circulant chez les cerfs devraient continuer à évoluer à un rythme plus rapide que celui observé chez les humains. « Non seulement les cerfs sont infectés par le SRAS-CoV-2 et le maintiennent, mais le taux de changement est accéléré chez les cerfs – potentiellement éloigné de ce qui a infecté les humains », a rapporté Bowman.

Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour clarifier comment le virus se transmet des humains au cerf de Virginie et évaluer la probabilité que des variantes mutées se propagent chez les humains.

Bien qu’aucune épidémie importante de souches provenant de cervidés ne se soit produite chez l’homme jusqu’à présent, une circulation entre animaux reste très probable. De plus, étant donné qu’environ 70 % des cerfs en liberté dans l’Ohio n’ont pas encore été exposés au virus, il existe un grand nombre d’animaux immunologiquement naïfs par lesquels le virus pourrait se propager sans inhibition.

« Avoir cet animal hôte en jeu crée des choses auxquelles nous devons faire attention. Si cette trajectoire se poursuit pendant des années et que nous avons un virus qui s’adapte aux cerfs, cela devient-il alors une voie d’accès à d’autres hôtes animaux, sauvages ou domestiques ? Nous ne le savons tout simplement pas », a conclu Bowman.

L’étude est publiée dans la revue Communications naturelles.

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Par Andreï Ionescu, Terre.com Rédacteur

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