Les microbes intestinaux des carnivores reflètent la santé des écosystèmes sauvages

Les microbes intestinaux ont récemment fait l’objet d’une attention croissante dans la littérature scientifique, à mesure que les scientifiques commencent à comprendre le lien entre leur diversité et la santé de leur hôte. La plupart de ces recherches se sont concentrées sur les humains, où un microbiome intestinal fonctionnel a été associé, entre autres, à une nutrition, une immunité et une santé mentale améliorées. En revanche, peu de recherches ont porté sur les microbes intestinaux des animaux sauvages, malgré le fait que la diversité microbienne peut être un indicateur de la santé des animaux sauvages et même des environnements dans lesquels ils vivent.

Une nouvelle étude a maintenant analysé les communautés microbiennes présentes dans les intestins de la martre sauvage d’Amérique (Martes américaines) vivant dans deux zones différentes. La martre des pins est un mammifère carnivore de la famille des Mustelidae, apparenté aux belettes, aux furets et au vison. On les trouve partout au Canada, en Alaska et dans le nord des États-Unis. Dans l’étude, les microbiomes intestinaux de martres vivant dans un habitat vierge ont été comparés à ceux de martres provenant d’un habitat naturel plus fortement influencé par l’activité humaine.

Les chercheurs ont collecté des données sur le microbiome intestinal de 21 martres pour cette étude. Seize individus ont été capturés au cours d’une saison de piégeage légale, dans une zone plus proche de l’habitation et de l’influence humaine. Les cinq autres ont été piégés en toute sécurité et relâchés au Huron Mountain Club, une zone forestière vierge située dans la péninsule supérieure du Michigan. Les résultats, publiés PLoS UN, identifié des différences distinctes entre les deux groupes de martres échantillonnés.

« Notre objectif ici était de déterminer comment, le cas échéant, la perturbation humaine d’un paysage affecte le microbiome intestinal de la martre d’Amérique qui vit dans ce paysage », explique Diana Lafferty, co-auteure principale de l’article et professeure adjointe de biologie à l’université. Université du Nord du Michigan. « Et les réponses ici étaient assez claires. »

« Plus précisément, nous avons constaté que les martres sauvages vivant dans des environnements relativement peu perturbés ont un régime alimentaire plus carnivore que les martres vivant dans des zones touchées par l’homme », explique Erin McKenney, co-auteur principal d’un article sur ces travaux et professeur adjoint d’écologie appliquée à l’État de Caroline du Nord. Université.

Les études précédentes sur les microbiomes intestinaux se sont largement concentrées sur les variations observées chez les humains et les organismes de laboratoire. Ce n’est que récemment que l’intérêt s’est accru pour les associations bactériennes hôte-intestin chez les espèces sauvages, et très peu de recherches ont été menées pour comparer les microbes intestinaux de congénères qui habitent différents environnements naturels. Plusieurs facteurs ont été impliqués dans la formation des communautés microbiennes intestinales chez les animaux, notamment le génotype de l’hôte, les traits d’histoire de vie et le comportement, l’organisation sociale, l’état de santé, le régime alimentaire et l’environnement lui-même.

« En conjonction avec nos autres travaux sur les microbiomes des carnivores, cette découverte nous indique que les écosystèmes microbiens dans les intestins des carnivores peuvent varier considérablement, reflétant l’environnement d’un carnivore », explique McKenney. « Entre autres choses, cela signifie que nous pouvons déterminer l’impact des humains sur une zone en évaluant les microbiomes intestinaux des carnivores qui vivent dans cette zone – ce qui peut être fait en testant les excréments d’animaux sauvages. Concrètement, ces travaux révèlent un outil précieux pour évaluer la santé des écosystèmes sauvages.

Les chercheurs ont découvert que les microbiomes intestinaux des martres de la forêt vierge du Huron Mountain Club étaient clairement distincts de ceux des martres récoltées dans d’autres régions. Les résultats mettent en évidence un outil émergent qui permettra aux chercheurs et aux gestionnaires de la faune d’évaluer la santé des écosystèmes sauvages.

«Le Huron Mountain Club est particulièrement important pour cette étude, car il est relativement vierge – l’une des plus grandes forêts vierges de l’est des États-Unis», explique Lafferty. « Cela en fait une excellente juxtaposition avec les 16 martres qui ont été récoltées, puisqu’elles ont été collectées dans des régions plus touchées par l’activité humaine. »

« Cela reflète le fait que les martres vivant dans des forêts relativement vierges sont capables de se nourrir à un niveau trophique plus élevé, ce qui signifie qu’elles occupent une place plus élevée dans le réseau trophique », explique Lafferty. « En d’autres termes, les martres des forêts relativement vierges ont un régime alimentaire plus carnivore, tandis que les martres des zones plus peuplées étaient plus omnivores. Fondamentalement, les résultats nous indiquent qu’un paysage perturbé entraîne un régime alimentaire sensiblement différent, qui se reflète dans leurs microbiomes intestinaux.

«Il convient également de noter que nous avons pu piéger et relâcher la martre au Huron Mountain Club en plein hiver, car nous avons conçu et construit des pièges sur mesure pour les protéger des éléments», explique Chris Kailing, co-auteur de l’ouvrage. article qui a travaillé sur le projet alors qu’il était à la Northern Michigan University. « C’est intéressant car cela rend l’échantillonnage hivernal possible pour de futures recherches sur la faune, même dans des conditions hivernales rigoureuses. »

« Il s’agit du dernier chapitre d’un ensemble de recherches en cours qui nous aident à comprendre les microbiomes intestinaux des carnivores », explique McKenney. « Les microbiomes intestinaux des carnivores sont intrinsèquement plus variables que ceux des autres animaux. Cette étude nuance l’idée qui se dessine selon laquelle toute cette variabilité n’est pas seulement du bruit. Cette variabilité découle plutôt du paysage nutritionnel auquel les carnivores ont accès – et cela, à son tour, reflète la santé de l’écosystème dans lequel les carnivores habitent. Et cela signifie que la surveillance du microbiome intestinal des carnivores sauvages peut nous offrir un véritable aperçu des écosystèmes dans lesquels vivent ces carnivores.

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Par Alison Bosman, Espèces-menacées.fr Rédacteur