Le rat de l’île Christmas était abondant lorsque le capitaine John Maclear a ancré son navire Poisson volant dans une baie au large de l’île de l’océan Indien en 1887. Son équipage a constitué une petite collection de la faune locale, parmi lesquels le premier spécimen de l’espèce indigène de rat. Les opérations d’extraction de phosphate ont commencé peu de temps après sur l’île, et les rats n’ont plus été enregistrés après 1905. Les rats de l’île Christmas étaient considérés comme complètement éteints en 1908, en raison de l’introduction accidentelle de rats noirs (R. rattus) infesté de puces porteuses de la typanosomiase, une maladie mortelle.
Éteint depuis un peu plus de 110 ans et avec plusieurs spécimens de musée préservés pour la postérité, le rat de l’île Christmas constitue un candidat intéressant à la désextinction. Il s’agit d’un processus par lequel des espèces perdues sont ressuscitées en utilisant l’une des nombreuses biotechnologies possibles. Dans ce cas, une équipe de paléogénéticiens a envisagé la possibilité d’utiliser l’édition du génome pour reconstruire l’intégralité du génome d’une espèce de rat disparue. Leurs conclusions sont publiées aujourd’hui dans la revue Biologie actuelleoù ils évaluent les chances de succès et les limites de cette approche.
Habituellement, lors du séquençage du génome d’une espèce disparue, les scientifiques sont confrontés au problème d’un ADN fragmenté et dégradé qui ne révèle pas toutes les informations génétiques nécessaires pour reconstruire l’intégralité du génome. Cependant, avec le rat de l’île Christmas, le généticien évolutionniste Tom Gilbert de l’Université de Copenhague et ses collègues ont pu obtenir la quasi-totalité du génome du rongeur à partir des spécimens conservés dans les musées du Royaume-Uni. De plus, comme cette espèce a divergé relativement récemment des autres Rattus espèce qui existe encore, il partage environ 95 pour cent de son génome avec le rat brun de Norvège vivant.
«C’était un très bon modèle de test», explique Gilbert. « C’est le cas parfait car lorsque vous séquencez le génome, vous devez le comparer à une très bonne référence moderne. »
Une fois l’ADN des espèces disparues séquencé, il a été comparé au génome de l’espèce vivante pour référence. Cela a permis aux scientifiques d’identifier les parties manquantes du génome de l’espèce disparue. En effet, ils ont constaté qu’il manquait quelques gènes clés. Ces gènes étaient liés à l’olfaction chez les rats de l’île Christmas, ce qui signifie qu’un rat ressuscité serait probablement incapable de traiter les odeurs comme il l’aurait fait à l’origine.
En théorie, la technologie d’édition génétique CRISPR peut être utilisée pour modifier l’ADN des espèces vivantes afin qu’il corresponde à celui des espèces disparues. Si cela était réalisé sur des cellules germinales (sperme ou ovules) de rats bruns, ils pourraient alors devenir parents d’une progéniture contenant le génome de l’espèce éteinte. Cependant, cette technologie ne peut pas réussir s’il manque des gènes propres à l’espèce disparue. Malheureusement, plus les tissus d’une espèce disparue sont dégradés et anciens, plus l’ADN résultant sera fragmenté, ce qui rendra l’assemblage du génome plus difficile.
« Avec la technologie actuelle, il peut être totalement impossible de récupérer la séquence complète, et donc de générer une réplique parfaite du rat de l’île Christmas », a déclaré Gilbert.
Ce scénario est particulièrement pertinent dans le cas des tentatives de ressusciter les mammouths, disparus il y a plusieurs milliers d’années. Bien que les éléphants modernes soient génétiquement similaires aux mammouths, l’ADN du mammouth a subi des milliers d’années de dégradation et ne contiendra pas un ensemble complet de gènes fonctionnels de mammouth dans le génome.
« Il est très clair que nous ne pourrons jamais obtenir toutes les informations nécessaires pour créer une forme parfaitement récupérée d’une espèce éteinte », a déclaré Gilbert. « Il y aura toujours une sorte d’hybride. » Même si une réplique ne sera jamais parfaite, l’essentiel est que les scientifiques soient capables de modifier l’ADN qui rend l’animal éteint fonctionnellement différent de l’animal vivant.
Gilbert a expliqué que pour créer un mammouth écologiquement fonctionnel, par exemple, il suffirait peut-être de modifier l’ADN de l’éléphant pour rendre l’animal poilu et capable de vivre dans le froid. « Si vous faites vivre un étrange éléphant pelucheux dans un zoo, cela n’a probablement pas d’importance s’il lui manque certains gènes comportementaux. Mais cela soulève beaucoup de questions éthiques.
Gilbert prévoit d’effectuer l’édition génétique proprement dite sur des rats, mais aimerait commencer par des espèces encore vivantes. Il a l’intention de commencer par effectuer des modifications CRISPR sur le génome d’un rat noir pour le transformer en génome de rat brun de Norvège avant de tenter de ressusciter le rat de l’île Christmas.
Bien qu’il soit enthousiasmé par ces recherches futures, l’ensemble du processus pose encore des questions éthiques. « Je pense que c’est une idée fascinante en matière de technologie, mais il faut se demander si c’est la meilleure utilisation de l’argent plutôt que de maintenir en vie les choses qui sont encore là. »
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Par Alison Bosman, Espèces-menacées.fr Rédacteur
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